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微生态制剂作用机理有如下几个:
1、优势种群理论
在正常微生物群中少数种群在数量上占据整个正常微生物群的绝大多数，对整个种群起控制作用，该优势种群受到破坏**导致微生态失调。在动物肠道微生态系统中厌氧菌占99%以上，为肠道中的优势种群，兼性厌氧菌和需氧菌不到l%。使用微生态制剂就在于补充或恢复优势种群，使失调的微生态系达到新的平衡。从而使动物的健康得到恢复。
2、生物拮抗理论：
正常微生物群构成机体的防御屏障，其中包括生物学屏障和化学屏障。微生态群有序地定植于粘膜皮肤等的表面或细胞间形成的生物膜样结构上，从而影响过路菌或致病菌的定植、占位、生长和繁殖，这就是生物学屏障。这些屏障可以阻止病原微生物的定植。正常菌群的代谢产物乙酸、丙酸、乳酸、细菌素和其他活性物质共同构成化学屏障，可阻止外籍菌的定植与生长繁殖。微生态制剂本身是这些正常的生理性细菌及其代谢产物，它参与屏障结构，发挥生物拮抗作用。
3、生物夺氧理论：
多数病原微生物属于需氧菌或兼性厌氧菌，当动物肠道内微生态系失调，局部氧分子浓度升高时，有利于病原微生物的生长和繁殖。使用微生态制剂可以培育耗氧微生物，**局部氧分子浓度，抑制病原菌的生长，恢复其微生态平衡，从而达到预防和治疗疾病的目的。
4、“三流循环”理论：
三流循环即能源流、物质流及基因流的循环。
4.1、能量运转：
正常微生物群内部与宿主保持着能源交换和运转的关系。植物、动物及人类与正常微生物之间或正常微生物彼此之间都存在着能源的交换。近年来的电镜观察发现，肠上皮细胞的微绒毛与细胞壁的菌毛极为接近，并见有物质交换的现象。
4.2物质交换：
正常微生物群与宿主通过降解与合成进行物质交换。裂解的细胞与细胞外酶可为微生物利用，而微生物产生的酶、维生素、刺激素以及微生物的细胞成分也可为宿主细胞利用。
4.3基因交换：
在正常微生物之间有着广泛的基因交换，如耐性因子、产毒因子等都可在正常微生物之间通过物质的传递进行交换。
微生态制剂可以作为非特异性免疫调节因子，促进机体吞噬细胞的吞噬能力和B细胞产生抗体的能力，可以抑制腐败微生物的过度生长，降解肠道内有毒物质如氨、酚等，**微生态系统中能量流、物质流和基因流的正常运转。
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