鸡的肠道栖居着大量的微生物，构成了微生物区系（微生物组），主要是由细菌（厚壁菌门和拟杆菌）构成。肠道微生物区系对鸡的生长和健康非常重要，这些微生物区系的变化受到各种因素的影响,包括宿主本身（年龄、品种）、饲养管理、日粮水平和饲料添加剂等。过去人们就这些因素对肠道微生物区系的变化研究很多，但是研究的方法是传统的培养方法，而鸡消化道中90%的细菌用传统的培养方法不能鉴定出［1］，这样就大大限制了肠道微生物组成的研究。直到21世纪初16S rRNA目标基因分析技术在微生物研究上的应用，使人们更进一步了解复杂的肠道微生物以及它的数量、种类和结构。目前关于肠道微生物区系的多样性及具体的系统发育及功能机制仍然不是十分清楚，因此本文将近几年微生态制剂添加后对鸡肠道微生物区系影响的研究进展作一综述，以便后续的研究。

　　1 鸡肠道的正常菌群

　　宿主体内的正常菌群参与与宿主相关的生长发育、营养物质的消化吸收、合成菌体蛋白、免疫调控及生物拮抗等过程。对于鸡而言，外界环境、年龄、饲料原料和营养水平对整个菌群的变化很大，但是在正常情况下，宿主与菌群保持动态的微生态平衡。当有害菌占优势从而导致有益菌数量大大减少，这样会破坏正常菌群从而引发疾病。研究鸡肠道正常微生物菌群的种类、结构及变化过程为目前正在研究的微生态制剂提供理论基础。

　　1.1 胚胎期的正常菌群

　　以前人们一直认为胚胎期的健康鸡是处于完全无菌的空间中，但是Kizerwetter-S′wida等［2］最近研究得出在胚胎后期定居着一些革兰氏阳性菌，其中肠球菌属是优势菌，其它一些属包括葡萄球菌、大肠杆菌、梭状芽孢杆菌、克雷伯菌、肠杆菌。

　　1.2 消化道前段的正常菌群及数量变化

　　鸡出壳后消化道微生物定植非常迅速［3］，一些肠杆菌属、肠球菌和梭菌在消化道定植。He等［4］研究得出鸡出壳后1h肠球菌和梭菌在嗉囊和腺胃中可以检测到，3日龄嗉囊和腺胃中含有链球菌、大肠杆菌和乳酸菌［5］，5日龄鸡嗉囊中乳酸杆菌变为优势菌。鸡开食2d后十二指肠中乳杆菌开始出现并迅速增殖，十二指肠中微生物种类较少，其优势菌主要是乳杆菌和肠球菌。当鸡开始采食饲料到2周时乳酸杆菌在小肠定植随后发展成为优势菌群［1，6］。

　　Guan等［6］研究了乳酸杆菌在鸡消化道中大致的数量变化，在出生后1~7d，每克消化物中含乳酸杆菌的数量为106~109cfu，而出生8~42d后每克消化物所含乳酸杆菌的数量范围变为108~108.5cfu。空肠占优势的菌群为双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌及真杆菌。回肠的不同部位菌群差异较大，前端靠近空肠，菌群数量较少，而回肠末端紧接盲肠，所以菌群数量较多，且厌氧菌占大多数（>95%）。Lu等［7］得出鸡回肠里大约70%的微生物是乳杆菌属，其次是梭菌属（11%）、链球菌属（6.5%）及肠球菌属（6.5%）；且回肠分别在7~12和21~28日龄菌群结构稳定，但在整个3~49日龄期间菌群结构有显著变化。

　　1.3 消化道后段的正常菌群及数量变化

　　消化道后段菌群数量多而且复杂，优势菌群是专性厌氧菌，总量达1011个/g，盲肠要到13日龄才开始出现双歧杆菌、拟杆菌、真细菌并逐渐增加。到25日龄时盲肠内菌群才完全建立。雏鸡在30日龄时，其消化道菌群才与成年鸡一致。消化道后端的最优菌群是拟杆菌、真杆菌、双歧杆菌、消化链球菌，其次是乳杆菌、链球菌和肠杆菌等。盲肠和直肠是食物滞留的主要部位，也是细菌总量最大的部位。